《孤岛惊魂6》将玩家带到位于当代游击革命的心脏地带，时间仿佛静止的热带天堂——雅拉。总统安东·卡斯蒂约（由埃斯珀西多饰演）誓言让自己的国家恢复昔日的光彩，同时培养他的儿子迭戈（由冈萨雷斯饰演）跟随他的脚步。然而，天堂是有代价的，让国家繁荣意味着征服那些与他理想相悖之人。 在这个动荡不安的岛屿国家中，玩家将体验游击战的紧张刺激以及混乱，并推翻残暴的领袖。